L’organizzazione del FLAG comprende gli organi decisionali/amministratori e la struttura tecnica amministrativa.
Gli organi di governo del FLAG sono: l’Assemblea dei Soci, il Consiglio Direttivo e il Presidente.
La Struttura tecnica è composta dal direttore, dal responsabile amministrativo e finanziario e dagli animatori territoriali. A sua volta, il FLAG collabora con vari partner istituzionali e tecnici per la realizzazione della sua mission.